MEETING DIANA

Gentili professionisti,

volevo segnalarvi  che il 7° International Meeting di DIANA, si svolgerà per la prima volta in ITALIA, presso l’Università di Brescia, nei giorni 17-18 giugno 2010.

Allego la locandina.

Saluti.

Prendo spunto da numerose richieste per fare chiarezza sul programma di calcolo distribuito “boinc”.

Premetto che mi scuso con tutti coloro che hanno dimostrato interesse (e sono più di quanto avrei pensato) ma non sono riusciti a capire un gran ché: sono ingegnere, E ANCHE informatico (e non ingegnere informatico, che è una cosa sola), quindi, si dice, doppiamente privo di fantasia e di empatia verso le persone meno avezze alla tecnologia. Pertanto colmo questa mancanza con una breve e spero chiara guida introduttiva all’installazione di boinc e al collegamento alla rete di progetti disponibili.

Boinc, come scritto in un precedente articolo,  è un programma di calcolo distribuito che permette di collaborare nella ricerca in vari campi della scienza,medicina,biologia, chimica, matematica, astrofisica e più in generale di risolvere tutti quei problemi computazionalmente rilevanti per cui un singolo calcolatore, se pur potente, necessiterebbe di migliaia di anni di calcolo ininterrotto.

Si pensi ad esempio al problema del docking di una sostanza con una proteina, cioè al problema di trovare quale struttura molecolare sia migliore per una certa sostanza (una proteina di sintesi, per esempio) affinché essa possa inibire un certo aspetto di una proteina più grande: tale problema si trova nella ricerca di una cura per il morbo di Alzheimer

Boinc è un programma che permette di “donare” il tempo “inutilizzato” della propria macchina alla risoluzione di questi  problemi, facendo sì che il tempo necessario sia abbattuto di migliaia di volte.

Ad esempio (v. articolo), per la ricerca sulle proteine utilizzabili per migliorare la cura del neuroblastoma, è necessario effettuare 9 milioni di esperimenti chimici virtuali, che richiederebbero 8000 anni/macchina, un tempo evidentemente troppo lungo perché sia effettivamente utile.

Con boinc, si calcola, dovrebbero essere necessari in circa due anni, o anche meno. In questo modo  il neuroblastoma, un tipo di cancro non tanto raro (10 casi per milione l’anno) che colpisce i bambini, potrebbe essere curato in modo molto più efficace.

Questa guida spiega come partecipare  a questo progetto.

Sul sito principale di boinc, http://boinc.berkeley.edu/, si legge testualmente che i passi per partecipare sono: scegliere i progetti, scaricare ed installare il software, inserire username e password.

Questo è sufficiente per partecipare ad un solo progetto, per esempio Seti@home oppure World Community Grid (che in realtà è suddiviso in una decina di progetti quasi tutti di ricerca in campo medico e biologico).

Noi invece faremo anche l’iscrizione ad un Account Manager, cioè ad un servizio on line che terrà traccia del nostro lavoro, offrendoci la statistica sui nostri risultati (come il banner qui accanto) e permettendoci di partecipare a più progetti contemporaneamente.

Come account manager utilizzeremo “BAM!”.

Dunque, per prima cosa scarichiamo ed installiamo boinc.

All’indirizzo http://boinc.berkeley.edu/download.php troveremo il link per il download della versione specifica per la nostra macchina. Verificate che sia indicato il sistema operativo corretto (Windows, Mac o Linux) accanto alla versione del programma, come vedete nell’immagine che segue.

Finita lo scaricamento, procediamo con l’installazione del programma. E’ possibile scorrere le domande dell’installatore semplicemente premendo “avanti” finché non arriviamo alla fine.

L’installazione così fatta dovrebbe funzionare. E’ possibile personalizzare l’installazione, però devo dire che non è propriamente funzionante al 100%, anzi, occorre aggiustare alcune cose a mano, ed è opportuna solo se si ha (come nel caso della mia macchina chiamata “zebra”) un sistema senza tastiera né monitor, e pertanto si vuole far sì che boinc riparta anche nel caso in cui la corrente venga a mancare. In ogni caso, dato che mi sono rotto la testa qualche ora su alcuni problemi, se doveste riscontrare qualche anomalia fatemelo sapere che interveniamo.

Installato boinc, il passo da fare è collegarsi a BAM! e aprire un nuovo account. BAM! lo trovate all’indirizzo web http://boincstats.com/bam/. Selezionando sulle bandierine in alto si accede alla versione tradotta in italiano.

Registriamoci dunque su BAM!. Per l’iscrizione serve soltanto un nome utente, un indirizzo email e una password. Opzionalmente, per l’orgoglio del vostro campanile, potete inserire il CAP e lo stato. Io l’ho fatto.

Per completare la registrazione ci viene richiesto, come sempre, di cliccare su un link inserito in una mail. Fatto ciò la registrazione è completata.

L’ultimo passo è quello di aprire boinc manager (lo trovate nel menu di windows, BOINC / Boinc Manager) oppure già aperto come iconcina vicino all’orologio (quella a forma di X cerchiata).

Alla prima esecuzione ci viene chiesto di inserire il nome di un progetto: noi invece andiamo a chiudere questa finestra di richiesta e a chiedere al programma di collegarsi ad un account manager. A questo indirizzo trovate delle figure esplicative del procedimento, che comunque è molto semplice.

Questa voce ci richiede di inserire l’indirizzo (URL) del servizio (che è http://bam.boincstats.com), quindi username e password.

Alla fine del Wizard, boinc è collegato, ma non ha progetti su cui lavorare.

Si deve dunque entrare nel nostro account BAM! collegandosi al sito di cui sopra (http://boincstats.com/bam/), inserire username e password, andare su “progetti disponibili” del menu a lato.

Nella pagina che si apre si sceglie “Crea registrazione” da quelli che ci interessano, e “inizia” in fondo alla lista.

A questo punto… riapriamo boinc manager, sincronizziamo con l’account manager (si va sul menu strumenti, quindi “sincronizza con BAM!”)… et voilà.

Il programma dovrebbe iniziare a macinare numeri. Nella pagina “elaborazioni” dovrebbe essere presenti due o tre lavori in corso, dei quali sono attivi uno alla volta per ciascuna CPU del sistema (chi ha un Core Duo, per esempio, macinerà due lavori per volta). Nelle opzioni è possibile (così come da BAM!) modificare il comportamento di boinc, ovvero tempo massimo di CPU da usare mentre si sta lavorando e mentre non si sta usando il pc, comportamento quando il sistema è alimentato a batteria, eccetera.

Le impostazioni di default sono ragionevolissime e praticamente non invasive: non ci si accorge della presenza di boinc se non per l’andare della ventola; ovviamente l’elaborazione in più consuma un po’ più di energia e produce più calore, pertanto impostate - ma lo è già di default - che i lavori si interrompano quando il sistema è alimentato a batteria.

Potete anche stabilire che priorità dare ai vari progetti, nonché controllare più macchine di una rete.

Se siete arrivati a questo punto senza stufarvi, bene, complimenti. Vi chiedo soltanto di associare il vostro account al mio team, “Studiofuga.com”. Trovate l’opzione nel menu a sinistra di BAM!.

Infine, se volete farvi belli :-), nel menu “BoincStats / Firma” di BAM! c’è lo strumento per creare una gif che riporti le vostre statistiche, quello del team ed il ranking mondiale.

Qui di seguito elenco i progetti secondo me interessanti.

World Community Grid è un gruppo di progetti in campo medico e biologico, che vanno dal folding del proteoma umano (un giorno spiegherò cos’è…) alle ricerche sul cancro, dengue, aids e sulla selezione di un riso adatto all’alimentazione umana e alla coltivazione in Africa.

Rosetta è un progetto che riguarda il docking delle proteine, cioè l’interazione tra sostanze (proteine, anticorpi, eccetera) al fine di sviluppare farmaci per la cura del cancro, alzheimer, eccetera.

Lattice project è una selezione di progetti simili ai precedenti, ma da altri punti di vista.

Salve,

segnalo a tutti i laureati da poco e ai laureandi, il premio di laurea MIDAS. per informazioni visitate il sito della società promotrice al seguente link www.cspfea.net. si possono vincere fino a 2000 euro.

Saluti a tutti